突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建，14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市，本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交哪里有天才，我是把别人喝咖啡的工夫都用在了工作上了。。 危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
